攻殻機動隊SSSって凄いストーリーだったよな…虐待受けてる子供を政府が誘拐して、エリート洗脳教育受けさせてたんだぜ？

「個別の11人事件」後、草薙素子が公安9課を去って2年経った西暦2034年。
草薙が失踪したことにより組織の変革を余儀なくされた9課は、課員を増員し、「10の力で1つの事件を解決する組織」から「8の力で3つの事件を解決する組織」へと方針を転換。
加えてトグサを新設された隊長職に任命し、新体制の下で犯罪の抑止にあたっていた。

バトーはこれに馴染まず、新入隊員の訓練教官を務める傍らで「個人的推論に則った捜査」として単独行動を取っていた。
そんな中、梵字の刺青を入れた男たちが相次いで不審な自殺を遂げる事件が発生。
彼らはシアク共和国のカ・ルマ元将軍に忠誠を誓い、マイクロマシンによるテロを画策していた工作員であることが判明。
それについてカ・ルマの嫡子であるカ・ゲル大佐が取り調べに応じたが、突如、入国管理官を素手で殺害して銃を強奪し、空港職員を人質を取って新浜国際空港に立てこもる。
トグサ率いる9課はカ・ゲルを追い詰めるも、彼は突然「傀儡廻（くぐつまわし）が来る!」と叫び、トグサの目の前で拳銃自殺してしまう。
この一部始終を、失踪したはずの草薙が新浜国際空港を望む港湾施設から監視していた。

立てこもり事件から数日後、単独で捜査を行っていたバトーは草薙と再会する。
草薙はバトーに「Solid State には近づくな」と謎の警告をする。捜査が進むにつれ、バトーは草薙が「傀儡廻」ではないかと疑い出す。
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